Sesuai dengan Undang-undang Nomor 8 tahun 2004 tentang perubahan atas Undang-undang Nomor 2 Tahun 1986 tentang Peradilan Umum dan Perma 07 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kepaniteraan dan Kesekretariatan Peradilan, maka secara organisatoris dan administratif Pengadilan Negeri Martapura memiliki struktur organisasi sebagai berikut :
